心房颤动主要会引起心力衰竭和外周血管栓塞，特别是脑栓塞。心房颤动心房失去了有效的收缩和舒张，导致心房泵血的功能消失，造成心室排血量比窦性心律时减少25%以上。
此外快速型心房颤动发作时，由于心率明显加快而且不规则，导致心室舒张时间过短，在舒张期进入心室的血液明显下降，导致前负荷减小，也会引起心输出量的下降，由于心输出量下降，肺循环淤血，从而导致心力衰竭的发生。
由于心房颤动心房失去收缩，导致血流瘀滞，容易在左心房内壁，尤其是左心房形成血栓，血栓脱落可以引起严重的脑栓塞的发生。