食管克罗恩病很难治好，食管克罗恩病是一种和自身免疫相关的疾病，会反复发作，部分患者常常因为喝酒、吃辛辣、刺激的食物、暴饮暴食后复发，可以用药控制病情，但是很难治好。
食管克罗恩病急性发作期做电子胃镜检查可以看到食管多发溃疡病灶，而且溃疡比较深，做病理检查会提示非干酪样肉芽肿性炎症。这类患者可以用美沙拉嗪，以及糖皮质激素或免疫抑制剂治疗，病情比较轻的可以先用美沙拉嗪，如果效果不好可以再联合激素，如果仍然没有效果，可以用美沙拉嗪联合免疫抑制剂。
这类患者还可以用一些促进黏膜修复的中成药，比如康复新液。如果患者同时有胃克罗恩病，还可以用一些质子泵抑制剂，比如奥美拉唑。