多囊卵巢综合征到目前为止病因还不清楚，但是在临床上认为跟非遗传因素和遗传因素有关系。
非遗传因素在临床上主要是在孕期的时候暴露于高浓度雄性激素环境下，所以在青春期之后，就容易发生排卵功能障碍的现象。
遗传学理论，主要是家族性排卵功能障碍，所以卵巢发生多囊性改变，提示这种疾病存在遗传基础。
所以，无论是什么原因导致的多囊卵巢综合征，在临床上都需要系统地给予用药进行治疗，并且一直监管到绝经以后。因为如果不监管，可能子宫内膜在雌性激素的刺激下会出现增生，会导致病变的发生，甚至会出现子宫内膜癌症，要一直监管到绝经为止。