贲门癌并不是遗传性疾病。即使父母得了贲门癌，子女也不一定会患有同样的癌症。
但是在贲门癌发生发展过程中，遗传因素具有一定影响。比如具有贲门癌家族史的病人，发生贲门癌的机会就会明显高于正常的人群。一些基因的异常或者改变以及染色体的异常，都可能在贲门癌发生过程中产生一定影响和作用。
除了遗传因素之外，贲门癌发生还和很多环境因素和饮食因素，具有一定的关联。比如长期进食含有亚硝胺的，或者腐败变质的食物，都可能会增加贲门癌患病的几率。