灌肠对身体有很多好处，在临床上通常用来治疗结肠炎、溃疡性结肠炎、便秘。通过药物直达患处，经过肠壁吸收药物的成分，促进肠道内黏膜修复愈合，输送到全身，达到治疗肠炎的目的。
灌肠对于治疗便秘也有好处，能够刺激肠道蠕动，排出体内的宿便，从而缓解腹胀，治疗便秘。
灌肠对身体有好处，但是也不建议长期灌肠，因为在灌肠中容易导致肛管的黏膜受损引起出血，还容易导致肠道内出现感染。灌肠虽然对身体有一定的好处，但也有害处，不建议经常灌肠。