输卵管囊肿是否可以怀孕，主要依据输卵管腔形态和功能的具体情况而定。
输卵管囊肿如果偏小，且发生在其系膜上，由于没有影响管腔形态及输卵管的活动，可以怀孕。但如果囊肿发生在输卵管腔内，甚至引起了积水，这种情况下会破坏输卵管腔形态和功能，对怀孕的影响比较大。或者由于囊肿过大，使其活动度差，影响怀孕。
输卵管因素是影响生育的常见因素，有拾卵、输送卵子，并提供其与精子相遇场所的作用。对于有输卵管囊肿，又不孕的患者，建议先治疗囊肿后再计划怀孕。