表皮囊肿有可能会复发，多方面的因素可能导致皮肤表面产生囊肿。由于病因不同，在治疗时所选择的方法也有所不同。
表皮囊肿生长速度比较缓慢，如果患者没有任何临床表现，一般不需要做特殊治疗。如果生长伴有感染，也可以到医院采取液氮冷冻、激光或者手术方式切除进行治疗。
如果手术切除的时候，没有将病灶切除干净，局部会有囊壁残留，囊壁还会继续分泌油脂导致局部形成包裹性肿块，囊肿会逐渐增大。表皮囊肿复发后，也可以考虑再次通过手术切除，需要完整切除囊肿和囊壁，以避免残留。