结核性脓胸手术后遗症主要有胸痛、咳嗽等。
主要是因为在手术操作时可能会干扰到呼吸系统的一些部位，反射性地引起咳嗽，而且手术是在胸前操作，在麻醉药物的力量过了后会出现胸痛，而且由于局部炎症反应的存在，胸痛可能会持续很长一段时间，在结核完全治好后，症状可能才会消失。而如果手术不慎损伤了胸前的一些部位，胸痛可能会一直存在。
除了常见的后遗症，有些患者在手术后可能会遗留残腔，这会导致患者呼吸功能的异常，影响生活质量。