肠结核患者可以做肠镜，而且肠镜也是诊断肠结核最有效的方法，通过肠镜检查可以清楚地观察到肠黏膜组织是否有病理性的改变存在。另外，还可以对于病变处的组织进行病理组织学诊断，在进行病理活检时，如果发现有结核分枝杆菌存在，就可以确诊。
对于患有肠结核的患者，除了需要做肠镜检查外，有时候还需要配合CT、粪便常规、X线等相关检查项目，这些项目对于诊断肠结核也有一定的意义。
确定患有肠结核后，需要做到早发现、早治疗，联合使用抗结核类药物，预后良好。