肚脐两边肚子疼可能是存在以下几种原因：
1.肾结石。肚脐两边疼痛不排除有泌尿系结石，其中输尿管结石比较常见，还常表现有腰痛感。建议做个泌尿系的B超看看有无结石，可以通过外科手术进行摘除。
2.女性双侧附件炎症。如果是女性要注意一下，是不是双侧附件炎症引起的肚子疼。引起双侧附件炎症的，可能是炎症由阴道进入子宫，再经输卵管引发，此时在阴道可能会有瘙痒感，也可能会出现全身发热的症状。可以进行血常规或者妇科双侧附件B超，进一步明确。