咽口水耳朵疼有以下原因：
1.与患者有急性咽喉炎、急性扁桃体炎、疱疹性咽峡炎、咽喉部溃疡、舌咽神经痛等咽喉部的疾病有关系。吞咽口水时咽喉部的疼痛可以通过神经放射到耳朵，从而出现耳朵疼痛感。对于这种疾病临床上重在治疗咽喉部的疾病，耳部临床查体没有炎症性的病变，临床上也不需要特别的处理。
2.有可能在患者坐飞机或者潜水等活动的时候，当咽口水时出现鼓室内外气压不一致，导致出现鼓室内负压、鼓膜内陷、鼓膜充血等相关的情况，这个时候很容易出现耳朵疼痛感。