颅骨缺损的保护最重要的措施是尽快在条件许可情况下行颅骨缺损修补手术，避免因二次损伤伤及缺损处脑组织，引起颅脑出血发生。
其次建议在睡眠时适当垫高枕头，以避免脑组织因重力及体位的过度变化，引起脑组织的反复凹陷和膨出，对脑组织产生损伤。
最后建议颅骨缺损患者在平时的生活、工作中不要扎堆，避免危险的活动。尽可能不带帽子暴露头部颅骨缺损处，引起周围人的足够重视，避免在不知情的状况下误伤颅骨缺损处，发生颅脑损伤，甚至危及生命可能。