如果胰腺脓肿比较小，病情比较轻，患者所出现的临床症状不明显，可以选择抗生素类药物进行消炎治疗。
如果胰腺脓肿比较大，所出现的症状比较严重，单纯使用消炎类药物进行治疗，很难控制病情。这个时候可以进行脓肿穿刺抽取术，然后对脓液进行化验，确定致病菌，选择敏感的抗生素。然后也可以把抗生素直接通过留置管向脓腔内注入，治疗效果比较好。
另外，经过上述两种方法治疗后，作用效果不明显或者是不能够清除胰腺脓肿时，可以进行微创或者是开腹手术。