女性塞干扰素的副作用多见于发热、浑身无力、头痛、厌食、恶心、呕吐等症状，甚至有些患者在情况比较严重时，还有可能会出现轻度的骨髓抑制，出现白细胞减少现象。
另外，有一些女性在塞药以后也有可能会出现外阴、阴道瘙痒、分泌物增多等过敏反应。
女性在使用干扰素进行治疗时，主要治疗HPV感染。但在使用时一定要严格按照医嘱足疗程使用，不能自行停止使用药物，而且在使用以后还需要至少停药3个月进行复查HPV，确定是否转阴。