治疗扁平的特性药膏，包括咪喹莫特乳膏，或者是鬼臼毒素酊，或他扎罗丁、阿达帕林凝胶、维A酸软膏以及干扰素凝胶、酞丁安乳膏等等。
上述药膏中间有直接抗病毒药膏，为促进皮肤角质剥脱的药膏。不过最终的结果，都是要将扁平疣的病毒消除掉，将扁平疣疣体去除掉。
对于扁平的治疗，提高免疫力也是非常重要的，可以选择口服香菇菌多糖，或者是多糖蛋白这一类提高免疫的药物，也可以选择肌肉注射干扰素，或者是胸腺肽肠溶胶囊。口服匹多莫德颗粒剂、脾氨肽冻干粉或者是口服液等，提高机体的免疫力。
在日常生活中需清淡饮食，忌辛辣刺激，可以吃点薏米仁，不要熬夜，好好休息。