囊虫病潜伏期约为三个月到数年。因囊尾蚴寄生的部位，感染的程度，人体的反应性等不同，其临床表现也各不相同。
一、脑囊虫病，临床表现复杂多样。可分为脑实质型，表现癫痫最为常见；脑室型，可出现脑脊液循环梗阻，颅内压增高；软脑膜型，可引起慢性脑膜炎；脊髓型，可引起截瘫，感觉障碍，大小便潴留等。
二、皮下及肌肉囊虫病，可引起假性肌肥大症，表现为四肢肌肉肥大，但却软弱无力，甚至行动困难。
三、眼囊虫病，占囊虫病的2%以下，一般多为单眼感染。眼部的症状表现为，当虫体死亡时，可以产生强烈的刺激，导致色素膜炎、视网膜脉络膜炎。