患者在患上鳃裂瘘管后，如果出现了发炎的情况，可以遵医嘱在瘘口局部涂抹百多邦等药物来进行治疗。
百多邦也就是莫匹罗星软膏，此类药物属于一种抗生素药物，通过涂抹此类药物在瘘口，可以起到控制局部的炎症感染的功效。但是，由于鳃裂瘘管本身管道较长，如果出现了较为严重的感染或者是反复的感染，通常单纯地依靠外部涂抹百多邦等药物，没有办法实现疾病的有效痊愈。
此类情况目前在临床上，考虑还是应当通过手术的方式来对鳃裂瘘管进行完全性的切除才可以治疗。