日本血吸虫病的诊断标准与血吸虫的生活特征密切相关。
首先，应该确认病人是否有血吸虫疫区水的接触史，这一点是诊断的必要条件，应该仔细地追问，这就是传染病学所说的流行病学史。所有的传染病流行病学史，一定是第一诊断需要的。如果确定接触史，可以根据病人的症状进行判断，比如发热、皮炎、荨麻疹、腹痛、腹泻等消化道症状，或者有肝、脾肿大等症状。
实验室的检查可以帮助确定诊断，例如粪便检出活卵或者浮出毛又是比较直观的方法，但是粪便的检查有局限性，需要反复多次的检查，只要检出就可以确诊。当然也可以通过血液的抗原检测，来帮助确诊。