梅毒晚期有可能会侵犯食管，从而引起食管梅毒。虽然非常罕见，但确实存在，一般病程比较长，进展比较缓慢。
它和身体其他部位的梅毒病变一样，主要的病理变化是树胶样肿和血管的病变。晚期梅毒主要是由终末小动脉以及闭塞性的动脉内膜炎导致的炎性改变、坏死。Ⅲ期梅毒可见黏膜下树胶样肿，或者弥漫性的炎症伴组织的破坏。
以上两种形式共同作用，导致食管的糜烂和溃疡，从而形成食管瘢痕性狭窄，影响进食，这就是食管梅毒。