多骨纤维发育不良的治疗有内科治疗及外科治疗。
内科治疗主要有两种药物：1、降钙素 ，它对骨畸形造成的局限肿胀和骨折刺激神经末梢引起的疼痛有明显止痛作用，无明显副作用，但是价格比较昂贵。
2、二磷酸盐，在治疗2～3疗程后骨痛及步态异常消失，肢体长度无变化，但尚未得到骨受损治愈的证实。
对于多骨纤维发育不良的肢体畸形严重者可行截骨矫形术，刮除病灶骨，采用植骨与内固定，术后有可能复发。若病变迅速增长，要警惕恶变为骨纤维肉瘤，其次是骨肉瘤，此时不宜放射治疗，以免诱发恶变。