十二指肠溃疡用抑酸药、保护黏膜的药物，以及促进黏膜修复的药物治疗。前者包括奥美拉唑、雷贝拉唑等质子泵抑制剂，后两类药物包括硫糖铝、铝碳酸镁、康复新液等。
用药期间注意调整饮食，部分患者口服保护黏膜的药物，比如铋剂可能出现便秘，建议多喝水，多吃蔬菜、水果，补充膳食纤维。用完规定疗程的药物后，建议及时复查电子胃镜，判断溃疡是否愈合。
如果是幽门螺杆菌感染导致的十二指肠溃疡，需要杀菌治疗，口服4联根除方案，否则可能导致十二指肠溃疡不容易愈合，或者是容易复发。溃疡愈合后也要注意饮食规律，尽量不要喝酒，不要熬夜。