心源性休克有一定的后遗症，最常见的急性心肌梗死导致的心源性休克。在恢复后可能会遗留室壁瘤，还有坏死的心肌被损伤后，会引起心脏的传导功能异常引起心律失常的发作。还有心源性休克恢复后，根据心肌再灌注的恢复的情况，部分病人还会遗留反复发作的心功能不全表现。
心源性休克发作时会引起血流动力学改变，导致全身重要脏器及组织灌注不足，比如脑组织、肾脏。如果灌注不足时间较长，即使通过治疗恢复，脑组织因为缺血缺氧可能会遗留脑梗塞、血管神经性痴呆，引起认知障碍、记忆力减退等。
肾脏因为缺血缺氧出现急性肾功能不全，如果肾脏长时间灌注不足，即使最后血流恢复，因为急性期损伤肾单位，可能会遗留慢性肾功能不全。