肛瘘可以引起肛门皮肤的感染，反复发作时可以引起肛门括约肌局部纤维化，从而失去了括约的功能。长期反复发作的肛瘘，有很小的概率引起皮肤细胞恶变。
肛瘘的瘘管内容易滋生细菌，引起细菌感染，导致肛门皮肤反复的红肿、流脓、疼痛。虽然不足以造成生命危险，但严重影响患者的日常生活和工作。
肛瘘发作频繁时，长期的慢性炎症刺激，可以导致肛门括约肌局部慢性炎症，并逐渐纤维化，失去了弹性，丧失了部分的括约功能。长期慢性炎症刺激，还可能有很小的概率导致皮肤细胞恶变，形成恶性肿瘤。