治疗肺结核的药物副作用相对于较大，但大多数患者还是能耐受的。通过及时地发现、及时地予以相应对症处理和治疗，其副作用能有效地减轻和改善。
例如部分患者可以出现胃肠道的不良反应，而有恶心、呕吐、食欲减退、腹胀等不适，肝功能损害也较为常见，但一般不会引起严重的肝功能损害。通过早期口服护肝药物并及时调整用药，大多数的肝功能损害亦能改善。还有部分患者可以出现神经系统反应、过敏反应、血液系统的反应以及关节损害等，此些副作用的程度轻重表现不一。
但肺结核患者一定要早期、规范的抗结核治疗，才能使其病情得以稳定和治愈，并不要过于地担心抗结核药物的副作用，患者需要定期地复诊。