头部核磁共振主要检查神经系统疾病、头部血管动脉静脉，还有头脑功能成像，可以查出3天之内新发梗塞，还有微出血等很多功能成像。
头部核磁共振平扫最常见疾病有脑梗塞，尤其用DWI脑功能成像可以检查出来急性脑梗塞。如果梗塞在6小时内可以急诊溶栓，如果溶栓成功患者梗塞后遗症非常小，可以提高很多患者生活质量。
还有常见疾病有脑出血，出血没有CT敏感，但是微出血可以检测得到，为临床医生提供更多信息。发现微出血后不会按梗塞治疗引起用药错误，还有脑部肿瘤性病变、神经系统病变等疾病。总之，核磁共振检查是临床最好检查项目之一。