肺栓塞是否需要终身用药治疗与患者的具体病情是有关系。
肺栓塞患者多需要根据病情予以抗凝或溶栓的治疗，待其病情得以稳定以后根据引起肺栓塞的危险因素来决定其抗凝治疗，如果此些危险因素在短期内能够消除，患者是不需要长期服药治疗，通过口服3个月、6个月或1年左右的抗凝剂即可。
但对于反复发作的肺栓塞患者，引起肺栓塞病因未明确的患者以及引起肺栓塞危险因素难以去除，例如部分血液系统疾病、恶性肿瘤、家族性易栓症的患者，是需要终身服用华法林等抗凝剂治疗。部分慢性肺栓塞可以形成慢性血栓性肺动脉高压，此时患者有可能需要视情况长期口服降低肺动脉高压的靶向药物和抗凝剂治疗。