肛瘘的主要症状，是在肛门口皮肤周围会有一个溃口，溃口如果反复溃破，会形成肉芽组织的隆起。溃口会反复流脓和流水，刺激肛门周围的皮肤，出现潮湿、瘙痒等临床症状。
如果溃口闭合，局部再次形成感染的情况下，会出现红肿和疼痛。另外，肛瘘的溃口会通过管道样的组织和肛内相通，会有条索样的组织，按压时会有疼痛的情况。
肛瘘属于感染性的疾病，和肛门周围的脓肿属于同一个疾病的两个发展过程，是由于肛周脓肿溃破而来，所以，主要的治疗方法还是需要通过手术进行治疗。
肛瘘根据其外口的多少，分为简单的肛瘘和复杂的肛瘘。根据位置的高低，分为高位的肛瘘和低位的肛瘘。