一般情况下小肠损伤的手术方法主要是进行剖腹探查手术治疗。术中要将大量的小肠内容物以及渗出液吸引干净，并且可能要进行适当的冲洗。
术中如果发现小肠破裂比较局限，可能只需要进行小肠破裂的修补手术治疗。而如果小肠损伤比较严重，则可能还需要进行小肠切除，并且加小肠的吻合手术治疗。
手术之后患者需要常规放置引流管进行通畅引流，并且使用有效的抗生素进行治疗。除了使用抗生素以外，患者还需要进行抑酸、补液、维持水电解质平衡、肠外营养等对症支持治疗。