霉菌性肺炎的治疗时间和病情的严重程度有关。通常情况下霉菌性肺炎经过及时有效的治疗，通常一个礼拜左右就可以恢复。如果病情比较严重的患者，恢复的时间需要相对延长，在10天到半个月左右。
临床上对于霉菌性肺炎的治疗，主要是使用抗真菌药物进行治疗，常用的抗真菌药物包括伏立康唑、泊沙康唑、伊曲康唑、氟康唑、卡泊芬净、米卡芬净、两性霉素等药物进行治疗。
在使用抗真菌药物的同时，还需要结合临床的症状进行对症治疗，如果有发烧和咳嗽的病人，即要使用退烧以及止咳的药物辅助治疗。