如果患者感染尼帕病毒以后，会出现一系列的并发症，例如患者会有病毒性脑炎或者合并病毒性肺炎、病毒性心肌炎。严重时患者会因为并发脑炎，而表现出剧烈头晕、剧烈头痛、恶心、喷射性呕吐，甚至会造成意识混乱，患者会陷入昏迷。
部分病例经过积极及时治疗，病情能够改善，但是也会有患者出现更加严重的一些后遗症状和后遗的并发症。比如性格或者人格改变、反复发作的症状性癫痫，甚至有的患者还会有智力下降等临床情况。
对于病毒性肺炎，患者有可能出现剧烈咳嗽、胸闷、气短、喘憋，甚至呼吸功能衰竭。