一般角膜移植手术后很少会发生排斥反应，这是由于角膜是一层透明的膜，不含有血管，也不含有淋巴组织，属于免疫豁免的部位，因此基本上是不会发生排斥反应的。
但也有少数患者会出现排斥反应，比如角膜周边有新生血管更容易发生排异反应，表现为角膜水肿、混浊，患者表现为突然的眼红，视力下降。
此时就应该用药治疗，给予抗感染、抗炎、消肿的药物治疗，可口服免疫抑制剂治疗，也可以使用糖皮质激素治疗，或者非甾体类的眼药水治疗，平时就应该正确用眼。