外源性变应性肺泡炎是否有后遗症，主要取决于病情的严重程度以及治疗的情况。通常对于急性外源性变应性肺泡炎患者预后良好，通过早期及时有效治疗，一般肺部是无后遗症的形成。
此类患者通过避免再次接触有机粉尘，根据情况予以适量糖皮质激素治疗，配合必要的对症处理，此类患者肺部病灶，多可以逐渐吸收完全而无后遗症。
但对于那些亚急性和慢性的外源性变应性肺泡炎患者，此时通过相应的治疗，有可能仍会有相应的后遗症形成。此类患者可能会遗留有不同程度的肺间质性的改变，严重的患者可以导致肺纤维化而影响其肺功能，患者可因此出现活动后气喘、胸闷等临床表现。
故一定要及时发现外源性变应性肺泡炎，通过及时有效治疗，能避免后遗症的形成，改善患者预后。