对于比较大的肠瘘，它的治疗主要是进行手术为主，可能需要进行肠造瘘手术。而对于比较小的肠瘘，可以采取药物保守治疗为主，患者需要禁食、补液、抗炎、抑酸、维持水电解质平衡、肠外营养、纠正低蛋白血症等对症支持治疗为主。
除了治疗以外，患者还需要进行双导管冲洗，一根引流管要持续性的滴进生理盐水，而另一根引流管再将引流液引出来。只有这样持续性的冲洗，患者的肠瘘才可以自行愈合。
另外，患者一定要保持心情愉快，要注意适当的进行户外锻炼，肛门恢复正常排气以后，可以开始进食少量的、清淡的流质饮食。