感染性心内膜炎是由于其他部位的感染，比如上呼吸道、肺部、腹腔、消化道、皮肤等感染，未经及时治疗和控制，导致这些部位的病原微生物侵犯入血液。
这些病原微生物随着血液流动，当流至心脏的心脏瓣膜时，直接感染心脏瓣膜，导致心脏瓣膜赘生物的形成，从而导致感染性心内膜炎的发生和发展。
特别是上呼吸道的溶血性链球菌的感染，不及时进行抗感染治疗时，容易导致链球菌入血，通过血流感染的方式感染心内膜。所以，出现任何部位的感染时，需要及时的抗感染治疗。