肩胛骨酸痛的原因主要为受凉、慢性损伤、肩周疾病或者脊柱病变等。
由于肩关节日常活动的幅度较大，周围肌肉较少，在寒冷的状态下容易受到寒凉的侵袭，引发肩胛骨酸痛。长时间从事流水线机械性工作的人员，由于肩膀和颈椎长时间保持某一个固定姿势不变，容易造成肌肉痉挛变形，引发颈肩部肌肉僵硬，造成局部肌肉慢性损伤，也会诱发肩胛骨酸痛。患有肩关节周围炎或肩周炎等疾病，也会造成肩胛骨软组织出现慢性损伤，而产生肩胛骨酸痛。
此外，某些脊柱病变，比如胸椎疾病、颈椎病会导致神经遭受压迫，也会引发肩胛骨酸痛。