多系统萎缩本身并不会造成全身疼痛。但是，多系统萎缩的患者会出现帕金森样的症状就会导致患者出现全身肌肉的强直僵硬，从而造成全身疼痛的症状。
此外，多系统萎缩多见于老年患者，由于长期缺乏有效的运动就容易发生骨质疏松，而骨质疏松也会造成患者出现全身疼痛的症状。
因此，对于多系统萎缩的患者，需要给予相应的治疗手段来缓解患者全身疼痛的症状，可给予钙片、磷酸盐、骨化醇抗骨质疏松治疗。也可以给予左旋多巴、多巴胺受体激动剂等药物改善帕金森样的症状。除了药物治疗以外，还需要进行有效的康复训练以及物理治疗来改善患者的疼痛症状。