间接鼻咽镜和纤维鼻咽镜检查虽然都可以观察到患者的鼻腔部位，但是两者的区别，还是比较明显。
间接鼻咽镜和纤维鼻咽镜的检查设备器械有所不同，间接鼻咽镜的镜体相对较硬，但是纤维鼻咽镜的镜体和镜身相对较软。而纤维鼻咽镜相对间接鼻咽镜，观察的范围更广，检查的影像也更加清晰。因此，纤维鼻咽镜检查较间接鼻咽镜检查更为先进。
当患者鼻咽部位存在有可疑新生物，需要取局部的可疑组织进行病理检查时，需要进行纤维鼻咽镜检查，而不是间接鼻咽镜检查。