严重的沙眼单纯使用滴眼液治疗效果较差，需要通过口服或全身输液治疗。
沙眼是一种慢性传染性疾病，急性发作期，病情严重时应全身使用抗生素治疗，治疗时间约在3~4周左右。沙眼发作后应及时进行治疗，避免沙眼引起严重的并发症。沙眼可以导致眼睑斑痕形成，导致眼睑内翻倒睫。沙眼控制后，可通过手术矫正眼睑内翻。
沙眼的发生与患者不注意用眼卫生有关，药物治疗，患者还应改善生活环境、卫生，勤洗手、注意手卫生，避免传染给他人或者再次感染。