卵巢囊肿有分为生理性卵巢囊肿和病理性卵巢囊肿，具体如何判断可从以下几个方面：
1.生理性卵巢囊肿往往与月经有关，对于首次发现有卵巢囊肿的女性，先不要恐慌，可以在月经来潮的第3-5天复查超声检查。如果提示囊肿消失或明显的减小，考虑是生理性所引起，可以暂不处理，定期随访。
2.如果在月经期第3-5天复查，仍有卵巢囊肿的存在，并且大小达到5厘米以上，考虑是病理性卵巢囊肿的存在，建议行手术治疗，以明确囊肿的具体性质。
由于一般情况下，卵巢囊肿是不会有什么明显症状，大部分情况下是通过妇科普查时发现。因此，建议女性每年进行妇科体检，做到早发现、早治疗。