甲状腺功能减退是否能治愈，主要根据引起甲减的病因决定。甲减病因包括桥本氏甲状腺炎、亚甲炎、甲状腺手术、131碘治疗、碘缺乏、药物性甲减、垂体疾病。其中由于碘缺乏和服用某药物造成的甲状腺激素水平过低，在进行碘元素补充或停药后可完全恢复。大部分亚急性甲状腺炎治愈后甲减会随之消失。
桥本甲状腺炎、甲状腺手术、131碘治疗造成的甲减，需要长期甚至终身进行外源性甲状腺激素补充治疗，以避免出现一系列的相关症状，并且需要定期进行甲状腺激素水平的监测，根据结果进行药物剂量的调整。