绝大部分小儿病毒性肺炎可治愈，不留下任何后遗症。但是严重病毒性肺炎，如重症腺病毒肺炎，可能导致气管、支气管上皮广泛坏死，引起支气管管腔闭塞，导致闭塞性细支气管炎而留下后遗症。
症状严重程度与小气道受累的数量，和管腔狭窄程度密切相关。出现此后遗症的患儿，只能通过药物延缓病情进展，无法根治，最终出现慢性呼吸衰竭或者慢性肺源性心脏病，导致呼吸及循环功能不全。
部分病毒性肺炎患儿，还可能出现支气管扩张或者其他慢性阻塞性肺疾病。