牙菌斑可以通过刷牙刷掉，尤其是位于牙齿光滑面唇颊舌腭面的菌斑，但是邻面的菌斑不易通过刷牙去净，所以需要配合使用牙线。菌斑是牙面上或者是修复体，表面不能够用水冲或者是漱掉的细菌性的斑块。牙菌斑是口腔一些常见病的致病因素，例如龋病和牙周病。
研究已经证实，牙菌斑是牙周病的始动因素。菌斑中的细菌及其代谢的产物，通常会导致牙体硬组织的脱矿，形成龋洞。
牙菌斑产生了一些炎性的介质，可以导致牙龈、牙周组织的损伤，从而形成牙龈炎或慢性牙周炎。有效清除菌斑，可以预防和防止口腔常见病、多发病的发生和发展。