牙菌斑可以通过龈上洁治术、龈下刮治术、刷牙、牙线、漱口水去除。
龈上洁治术可以去除牙龈以上的牙结石、菌斑、软垢。龈下刮治术可以去除牙周袋内的细菌、龈下牙石。每天的刷牙可以去除牙面上附着的菌斑。牙线可以去除牙齿邻面的菌斑。漱口水可以去除牙刷和牙线未去除干净的细菌，及口腔内黏膜上的细菌，起到杀菌的目的。
检查牙菌斑祛除的是否干净，可以在牙面上涂抹菌斑显示剂，5分钟后漱口。若牙面上有染色，则说明菌斑未去除干净。菌斑显示剂常用于教导儿童刷牙。