胸腺增生的原因比较复杂。因为化疗及激素过量使用，会导致胸腺体积减小，因此一般比较常见原因是发生于肿瘤化疗，以及激素过量应用后引起的反跳性增生。
据统计，化疗后胸腺体积缩小40%左右，其中20%左右的化疗病人，会出现胸腺反跳性增生。另外在使用激素治疗库欣综合征时，出现的这种情况也不少见。
另外，甲状腺功能亢进患者的胸腺，会有增生的症状，虽然甲状腺疾病和胸腺增生的关系还不清楚。但有证据显示与胸腺内的甲状腺素受体有关。