12mm肾结石一般首选体外超声碎石术治疗，可将其碎裂成多个小结石，方才有可能将其通过尿液排出体外。因为正常人的输尿管有三个狭窄，其中一个最狭窄的地方只有6mm，所以12mm的肾结石是无法通过输尿管的，只有先将其碎成直径小于6mm的小结石，才能使其通过输尿管最狭窄处，随着尿液进入膀胱，再经过尿道，最后排出体外。
如果结石质地很坚硬，超声碎石术无法将其碎裂或合并尿路梗阻，或结石和周围组织粘连严重，无法将结石排出者，需手术切开取石。如果结石在肾盂或下肾盏部位，也可考虑微创手术治疗，即经皮细针穿刺，将肾镜送达肾盂或肾盏，于直视下将结石取出。