颅内囊肿一般使用药物治疗没有太大的效果，主要是进行手术治疗。
对于没有任何临床症状的颅内囊肿，一般先不予进行治疗，应当定期去医院进行复查，了解囊肿的体积是否存在增大的情况。如果出现了一些明显的症状，则应进行手术治疗。
手术的方式也分为多种，可以进行囊肿腹腔分流术使囊肿变小，但是在术后可能会复发。也可以进行囊肿开窗剥离术，通过内镜在囊肿上进行开窗，然后吸取出囊内的内容物，并且将囊肿边缘剪开，能够降低颅内囊肿的复发几率。