大多数的恶性畸胎瘤病人是需要化疗的。
如果恶性畸胎瘤比较小，可以进行根治性的手术切除。在手术切除之后根据病理回报的结果，大多数的病人需要进行术后的辅助化疗，来清除体内可能残余的恶性畸胎瘤的细胞。
如果恶性畸胎瘤发现的时候已经伴有周围淋巴结的转移，或者伴有肺组织、肝组织、脑组织和骨骼等部位的远处器官转移，化疗是治疗这些晚期恶性畸胎瘤的一个非常重要的手段。通过化疗可以延缓恶性畸胎瘤病情的发展，延长病人的生命。