地方性甲状腺肿的原因非常地多，其中最主要的一项可能与碘缺乏有关，如果一个地区单纯性的甲状腺肿大发病率超过10%，即被称之为地方性甲状腺肿。
由于碘元素是人体甲状腺，合成甲状腺激素的重要原料之一，而当人体缺乏碘元素时，会导致合成甲状腺激素不足，从而反馈给垂体分泌更多的促甲状腺激素。甲状腺在促甲状腺激素的刺激下，会逐渐地导致甲状腺上皮细胞发生良性的增生或萎缩，也可能会导致出现钙化、纤维化、出血等症状表现。
当然，除了碘缺乏因素以外，还会受到遗传因素、环境因素等影响。