抗青光眼手术有多种方法，例如激光小梁成形术，术中、术后可能出现前房积血，术后暂时性的眼压升高、激光角膜灼伤、虹膜周边前粘连等并发症。
常见的滤过性手术，术后也可能出现前房出血、恶性青光眼、前房形成迟缓、眼压偏低甚至脉络膜脱离。术后低眼压或术后长期无前房导致角膜与晶状体接触时间过久，可以导致白内障。
术前眼压控制不好，滴用缩瞳剂次数过多，术后可以出现虹膜睫状体炎、交感性眼炎，晚期可以出现滤过泡过薄或穿孔、滤过泡漏水，甚至感染。