腱鞘囊肿引起了明显的疼痛后，可以通过使用消炎止痛类的药物进行缓解，比如双氯芬酸钠、对乙酰氨基酚等，也可使用一些外用的药物进行治疗，比如红花油、云南白药喷雾剂等，都有不错的止痛效果。
如果囊肿的体积较大，疼痛比较严重，可以考虑进行穿刺抽取的方法进行治疗，将囊内的积液抽出来，然后再向内注入糖皮质激素，进行加压包扎。
如果腱鞘囊肿反复发作，使用以上方法治疗效果不太理想，可以考虑进行手术治疗，通过手术将囊肿以及相关的连接组织进行切除。